Bioetanolimukaan lukien bioetanoli jota käytetään joissakin maissa autojen ja muiden ajoneuvojen polttoaineena ja bioetanolia kotitalouskäyttöön esimerkiksi biopohjaisissa tulisijoissa, on kirkas aine, joka on kemiallisesti sama kuin etanoli, jonka luultavasti tunnet alkoholijuomien alkoholikomponenttina. Termiä "bioetanoli" käytetään kuvaamaan tietyn prosessin avulla tuotettua etanolia eikä itse kemikaalia.

Bioetanolia valmistetaan käyttämällä entsyymejä, jotka pilkkovat sokeriruoko-, olki-, tiettyjen ruoho- ja heinäkasvien, puulastujen tai sahanpurun kaltaisesta kasvista peräisin olevan biomassan sokereiksi. Tämän jälkeen sokerit käyvät, minkä jälkeen etanoli kerätään tislaamalla. Tarkka prosessi vaihtelee käytettyjen kasvien tyypin mukaan, mutta nämä ovat bioetanolin polttoaineen valmistuksen keskeiset vaiheet.

Bioetanoli on puhdasta alkoholia, ja kun sitä myydään käytettäväksi kodin tulisijoissa, se käydään läpi toinen prosessi, jolla varmistetaan, ettei kukaan yritä juoda sitä, muuttamalla se niin sanotuksi denaturoiduksi alkoholiksi. Näin puhdas alkoholi on vaarallista ihmisravinnoksi, ja monissa maissa sitä on kiellettyä myydä ainesosana, joten sitä voidaan myydä vain denaturoituna polttoaineena tai puhdistusaineissa.